Analyse quantitative de données de RNA-seq Normalisation et Analyse Différentielle Marie-AgnèsDillies [email protected] InstitutPasteur Plate-formeTranscriptomeetEpigénome etCentredeBioinformatique,BiostatistiqueetBiologieIntégrative CanceretGénomique,versunemédecinedeprécision Bigdatamoléculaireetsontraitement 5mai2015 . . . . . . A la naissance du RNA-seq... . . . . . . Quelques années plus tard :-( . . . . . . Les grandes étapes du RNA-seq . . . . . . Les grandes étapes du RNA-seq . . . . . . Les grandes étapes du RNA-seq . . . . . . Thèmes abordés Caractéristiquesdesdonnéesdecomptage Laplanificationdel’expérience Lanormalisation Larecherchedegènesdifférentiellementexprimés Etaprès?Recherched’enrichissementencatégories fonctionnelles L’analysedifférentielled’isoformes . . . . . . Caractéristiquesdesdonnéesdecomptage Descriptiondesdonnéesdecomptage Variabilitéstechniquesassociéesauxdonnéesdecomptage Laplanificationdel’expérience Lanormalisation Pourquoinormaliser? Commentnormaliser? Larecherchedegènesdifférentiellementexprimés Loisdesdonnéesdecomptage Testsdisponiblesetperformances Distributiondesp-valeursbrutes Tenircomptedescomparaisonsmultiples:l’ajustementdes p-valeurs Etaprès?Recherched’enrichissementencatégories fonctionnelles L’analysedifférentielled’isoformes . . . . . . Comptage des reads par région d’intérêt . . . . . . Description des comptages : exemple . . . . . .